Arciděkanský kostel Panny Marie
Městský farní kostel byl postaven krátce po založení města v druhé polovině 13.století, jako prostá bazilikální stavba s křížovou lodí, nad jejímž jižním ramenem se zdvihala věž.
Šlo nepochybně o jedinou tehdy celokamennou stavbu uvnitř hrazeného města.Je zajímavé, že v té době zde byly pouze mimo hradby kostelík sv.Ducha před Špitálskou bránou a kostelík či kaple sv.Jiří na pahorku nad tehdy severním předměstím bývalé trhové vsi a kostelík sv.Martina na západní straně vrchu Hůrka.
Do konce 14.století městský farní kostel tak zchátral,že hrozilo jeho zřícení.V té situaci pomohl městu sám papež Bonifác IX.Koncem 14.století vybídl diecézii pražskou,pacovskou a řezenskou, aby přispěly na opravu klatovského farního kostela a slíbil 40 denní odpustky těm, kdo by v určitou dobu kostel navštívili.Do kostela nastal příval věřících a byl tak veliký,že z prostředků sbírek mohla být provedena přestavba a oprava kostela.Tato přestavba v letech 1405 až 1422, při níž bylo zbořeno raně gotické kněžiště, které bylo nahrazeno do šířky,délky a výšky rozměrnější stavbou s novou příčnou lodí, připojenou k východní straně zachované menší příčné lodi původní, byla provedená rožmberským stavitelem Limbartem z Aldebergu.Respektuje v Klatovech největší stavebně umělecké dílo pokročilé formy gotické.Po první přestavbě se farní kostel v té době stává nejbohatším a nejkrásněji vybaveným z celého děkanství klatovského, stejně jako děkanství klatovské vyniká nad ostatní děkanství plzeňského arcibiskupství.
Při chrámu, k jehož obsluze před vypuknutím husitských válek bylo ustaveno 13 oltářníků, stávaly dvě kaple, a to sv.Hatty při samém kostele a sv.Michala východně od kostela při zdi městské.První zmizela a neví se kdy se tak stalo.Pozůstatkem druhé je bezpochyby hrubá čtverhranná bašta s gotickým lomeným vchodem v místě, jež přesně souhlasí s údaji o jejím místě. Dne 21.6.1550 však spadl strop chrámu.Klatovští ho opravili ve stylu vladislavské gotiky, klatovským mistrem Antoněm, který tehdy stavěl i Černou věž a radnici.Závěr presbytáře byl posunut na tehdejší hřbitov až do linie, kde stál misijní kříž. Došlo také k novostavbě zřícené západní původní části lodi. Celou stavbu přizpůsobil gotické části příčné lodi a presbytáře, aby bylo dosaženo vnitřní jednoty. Zeď se skládala z nelícné žuly a břidlice, a jen trnož,obložení dveří a oken,opěráky a pilíře jsou z tesaného kamene.Klenby jsou vesměs cihlové.
Doba uctívání Mariánského obrazu v roce 1685 si vynutila zdokonalení a zlepšení vnitřní výzdoby oltářní v tehdy panujícím barokním slohu.Dále byla provedena barokní formou i úprava průčelí chrámu na západní straně.Zařízení chrámu tudíž pochází z konce 17. a počátku 18.století. Na hlavním oltáři byl umístěn obraz Panny Marie Klatovské jako kopie byzantského obrazu,v italském prostředí. Raně barokní oltáře mají několik výtečných plastik z dílny pražského sochaře, M.V.Jaecla.Výzdoba stěn vznikla z přemalby gotických maleb a domalby nové, malířem M.Matoušem roku 1902.
V omítkovém obleku pozdně barokním zůstalo zdivo staré křížové lodi uvnitř kostela.Tento prostor byl po roce 1760 upraven na barokní kapli.
V letech 1898 až 1908 byla pod vedením stavitele Josefa Fanty (který se snažil přizpůsobit vnější vzhled kostela stavu zobrazenému na Willenbergově obraze města z roku 1602), provedena přestavba části chrámu,která měla charakter z převážné části regotizace.Bylo nově upraveno západní průčelí lodi. Odstraněno bylo původní zbarokizované průčelí. Nové průčelí, fakticky znovu postavené, bylo opatřeno sochami mistra O.Vosmíka z Prahy. Barokní chórky uvnitř kostela jsou zbytky původního kostela, kde jich bylo užíváno jako kaple, depozitáře a sakristie.Při prováděné regotizaci byly provedeny průzkumné výkopy starší stavby 13.století a schématická rekonstrukce půdorysná.Z původní první stavby se zachovalo několik kamenných zlomků.
O klatovském kostele farním se hovoří jako o děkanském již od konce 14.století. Diecézní biskup v roce 1933 povýšil tehdy kostel na arciděkanský.